De synagoge is gebouwd in 1884. In die tijd woonden er genoeg joodse mensen in Zuidlaren om zo’n gebouw neer te zetten en te onderhouden. Tot 1925 is het gebouw gebruikt als synagoge, toen waren zoveel joodse mensen uit Zuidlaren vertrokken dat de overgeblevenen niet meer in staat waren het gebouw te onderhouden. Een joodse inwoner van Zuidlaren heeft het daarna als pakhuis gebruikt. Hij heeft daarvoor openslaande deuren in de gevel aan de straatkant laten plaatsen.
In de oorlogsjaren is het gebouw vanwege joods bezit geconfisqueerd. Tegen het einde van de oorlog zijn er tijdelijk patiënten van Dennenoord in ondergebracht en kort na de bevrijding diende het als recreatieruimte voor Canadese militairen. Vervolgens is het gebruikt als motorenwerkplaats en als clubhuis door de padvinderij. In 1973 heeft de gemeente zich over het gebouw ontfermd en het verbouwd en ingericht als peuterspeelzaal. In 1993 is het door de gemeente verhuurd aan de Stichting Inbrengwinkel Dozijntje.
In 2003 is de Vereniging Behoud Synagoge Zuidlaren opgericht met als doel het voormalige sjoeltje te verwerven, te laten restaureren en een bestemming te geven die overeen zou komen met het doel waarvoor het ooit gebouwd was. Dit doel is binnen vier jaar bereikt samen met een aantal ondersteunende instanties.
Nu wordt de synagoge gebruikt waarvoor hij ooit bedoeld was. De Joodse Gemeente viert elke week haar sabbatsdiensten, de joodse feestdagen worden gevierd, joodse kinderen doen bar- of bat-mitswa, er worden joodse huwelijken ingezegend en er worden leer-bijeenkomsten belegd. Ook worden er cursussen Hebreeuws en rondleidingen gegeven. Regelmatig zijn er exposities, lezingen en zondagmiddagconcerten.
