Het kerkje heeft al een lange geschiedenis. De toren dateert uit het begin van de dertiende eeuw. Het huidige kerkje is van een latere datum: het is in 1764 gebouwd.

Rond 1200 werd Spaarnwoude een zelfstandige parochie, met Sint Gertrudis als patroonheilige. Er mocht toen worden gedoopt en begraven. Toen is ook de houten kapel vervangen.

Toen werd in romaanse bouwstijl een stenen toren gebouwd van zo’n 20 meter hoog. De soort stenen waarvan de toren is gebouwd, werd alleen rond 1225 gebruikt. Het zijn zogeheten kloostermoppen. (stenen die groter en dikker waren van formaat dan de huidige baksteen)

In 1844 werd de spitse toren en een verdieping van de kerktoren gesloopt. Er moest namelijk nodig gerestaureerd worden, maar het geld daarvoor ontbrak. Noodgedwongen werd de toren ingekort tot ongeveer 20 meter; de toren kreeg een laag dakje van hout en werd voorzien van dakpannen. Zo is de toren aan zijn naam gekomen: Stompe Toren.  Sinds 1880 is het gebouw niet meer in gebruik als kerk.

In de jaren twintig van de twintigste eeuw werd het kerkje gebruikt als atelier van kunstschilder Frans Baljon. Hij vertrok in 1932. Daarna is het kerkje als klein museum ingericht en werden er concerten gehouden.  In de jaren die volgende bleef het een functie als atelier behouden.