Rustoord was de eerste particuliere buitenbegraafplaats voor Amsterdam. Vroeger werd er vooral in de kerk begraven, maar in de 18e eeuw begon men zich af te vragen of dit niet ongezond was. Georg Henri Amman, een doodgraver uit Amsterdam, vroeg toestemming om in het toenmalige Diemerbrug een begraafplaats aan te leggen en in 1791 werd het kerkhof aan de Weespertrekvaart in gebruik genomen.

Lange tijd kwamen de doden nog over water, vervoerd door een statig rouwjacht. De begraafplaats is aangelegd voor aanhangers van het toen overheersende protestantse geloof. In de 19e eeuw werd ruimte gemaakt voor de katholieken en in de 20e eeuw ook voor moslims. Op de begraafplaats zijn verschillende personen van naam begraven, zoals de 18e-eeuwse geleerde Pieter Nieuwland en oud-burgemeester jonkheer Bicker. Ook zijn er bijzondere grafmonumenten te bewonderen.