Landgoed Ekenstein is gebouwd in de 17e eeuw. Het landgoed is in 1870 vernieuwd in neogotische stijl.

De borg Nittersum (1669) bij Stedum van de Amsterdamse architect Vingboons, is de laatste “echte” borg die in Groningen gebouwd werd. Daarna werden in Groningen alleen nog landhuizen gebouwd, waarvan sommige nog als borgen beschouwd worden. De meeste van die landhuizen stonden in de veenkoloniën, als buitenplaats voor de kapitaalkrachtigen. Ekenstein (1648) is een van de twee landhuizen die in de Ommelanden bij Tjamsweer verrezen. Het andere is het naast Ekenstein gelegen Rusthoven (1686).

Verbouwingen
Aan het einde van de 18e eeuw werd Ekenstein vergroot, verfraaid en voorzien van water rondom. Een gedenksteen in één van de muren vermeldde: “Aedificata 1648, Ampliata 1772″. Dit betekent “Gesticht 1648, vergroot 1772″. Het landgoed bleef eeuwen familiebezit van de Alberda’s van Ekenstein. In 1827 werd het park aangelegd volgens een ontwerp in Engelse landschapstijl van stadshovenier Lucas Pieter Roodbaard. De boerderij van het landgoed was gevestigd in Het Schathoes. Willem Carel Alberda liet het landhuis in 1870 in neogotische stijl verbouwen. Hij gebruikte delen van afgebroken borgen. Zo bouwde hij een ridderzaal aan en liet hij het gevierendeelde wapen van Mello Alberda, heer van Nijenstein en het wapen van Joan Lewe van Middelstum in de muren van Ekenstein metselen. De gebrandschilderde ramen in de bibliotheek komen uit verschillende Groningse kerken. Het interieur en het exterieur van Ekenstein zien er nog steeds zo uit als na die verbouwing.