De Martinuskerk kent een rijke historie. De Markelose kerk bestond al voor 1224 en was gewijd aan de Heilige Martinus en heette st. Martinuskerk.

In 1840 werd het oude kerkgebouw afgebroken nadat het in 1836 werd getroffen door een storm. In 1839 werd er door een bouwkundige van de Waterstaat in Overijssel een ontwerp met bestek en begroting gemaakt voor het huidige kerkgebouw. Op 10 juni van dat jaar werd de eerste steen gelegd door predikant H.W. Stroink.

In 1861 is er besloten om een orgel te laten bouwen door de Duitser Carl Friedlich Haupt uit Ostercappeln. De kerkenraad heeft in 2004 besloten de naam Martinuskerk weer in ere te herstellen en zo heeft Markelo weer een kerk met een naam.