De kerk in de Dorpsstraat heeft een rijke historie en bezit historisch waardevolle elementen.
Hoogstwaarschijnlijk is het allereerste kerkje tussen 1225 en 1250 op de huidige plek gebouwd. Opgetrokken met houten staanders en muren van elzenhouten vlechtwerk, aangesmeerd met klei, en een rieten dak.
In 1547 is een kerk met een echte stenen toren in Romaanse stijl gebouwd. Het is deze toren die we nu nog kunnen bewonderen.
In 1591 krijgt de kerk aan de buitenkant een ‘horologie’ (uurwerk). In 1607 bestelt het kerkbestuur een ‘tafereel’, de Wet des Heren, dat momenteel links naast het huidige orgel hangt. Het grote houten bord in oud-Hollandse gouden letters bevat diverse Bijbelteksten en de tien geboden. Er worden in dat jaar vier ‘Herenbanken’ geplaatst, waarvan één met houtsnijwerk is versierd. Halverwege de 18e eeuw neemt de kerk een tinnen doopbekken en Avondmaalskan in gebruik. Deze elementen zijn nu nog steeds in de kerk aanwezig.
De ambachtsheer van Nootdorp Dirk Backer en zijn vrouw Abigael van Collen schenken in 1770 de kerk een nieuw orgel, gemaakt door de gerenommeerde orgelbouwer Johannes Assendelft uit Leiden. Het is ‘een groot en kostelyk orgel’, dat aan de bovenzijde is versierd met de wapens van de families Backer en Van Collen. In 1776 wordt het orgel verrijkt met een zeldzame “uurwijzer”, gedragen door Vadertje Tijd.
In 1894 wordt de kerk, met uitzondering van de toren, geheel afgebroken. Op 1 oktober 1894 wordt de kerk, geheel vernieuwd, weer in gebruik genomen.
In 1970 is het orgel gerestaureerd waarbij het bedieningspaneel verhuist naar de oorspronkelijke plek achter het orgel. Er komt ook in de kerk een trap naar het orgel. In 2022 wordt een laatste grote restauratie aan het orgel afgerond.
