De kerk die er nu staat is in gebruik genomen in 1679 op de fundamenten van een gotische kerk uit de 15e eeuw. Deze is ingestort in 1677. Omstreeks 1300 is de kerk gewijd aan de evangelist Johannes, ook aan Maria en Johannes de Doper. Vandaar de naam Johanneskerk. Het eerste kerkje, dat hier gebouwd is in opdracht van Graaf Hendrik van Dale en zijn vrouw Regenwice van Diepenheim, was een slotkapel van Huis te Diepenheim ‘eijn lemen huseken’.

In de jaren 1974-1975 is de kerk grondig gerestaureerd. Tijdens deze restauratie wordt een grafkelder ontdekt met daarin de stoffelijke resten van Hendrik Bentinck (overladen 1691) en zijn vrouw Ida Magdalena van Ittersum (overleden 1728). Zij woonden op het Huis te Diepenheim. In de kerk liggen meerdere grafstenen. De meest gave steen uit 1622 staat rechtop tegen de westmuur. Het is de steen van de familie Battenberg-Fockink. De herenbanken, verbonden met de adellijke huizen rondom Diepenheim zijn na de renovatie weer in de kerk geplaatst, evenals de preekstoel uit 1690. In de toren hangen 3 nieuwe klokken uit 1949, omdat de oude geroofd waren in de oorlog door de Duitsers. Het orgel in de kerk is uit 1892, geplaatst door orgelmaker Gerrit van Druten uit Hemmen.