De kerk, met een eenbeukig schip, dateert uit de 13e eeuw. De oorspronkelijke toren werd vanaf 1535 vervangen door de huidige laatgotische toren, waarvan de bouw bijna dertig jaar heeft geduurd. In de kerk bevindt zich onder andere een 17e-eeuwse preekstoep, een doopvont uit de 14e eeuw, 18e-eeuwse herenbanken en het grafmonument voor Diderick van Velthuysen, heer van Heemstede. Dit grafmonument werd gemaakt door de beeldhouwer Jan Mast (ca 1680-1736). Het orgel uit 1878, van orgelbouwer Petrus Van Oeckelen uit Leeuwarden, is nog in oorspronkelijke staat

De eerste steen van de huidige toren wordt gelegd op 30 augustus 1535 en pas 28 jaar later is de toren klaar. Deze is zo’n 47 meter hoog en gebouwd naar voorbeeld van de Utrechtse Domtoren. De luidklok van de kerktoren werd in 1563 ingezegend. Niet lang na de oplevering trekt de Reformatie door Nederland en wordt de kerk van Houten eigendom van de gereformeerden. In 1616 wordt de kerktoren voorzien van een uurwerk.
De kerk blijft van de beeldenstorm gespaard, maar in 1674 treft noodweer de Lage Landen en ook de Houtense regio. De torenspits van de kerk wordt daarbij vernield en stort door het dak van het gebouw. De kerk is letterlijk een puinhoop. In 1678 wordt de kerk gerepareerd en krijgt haar huidige vorm. In de 17e en 18e eeuw maken de katholieken uit Houten gebruik van schuilkerken in Schalkwijk, Vechten of Jutphaas. In de Pleinkerk zijn tot op de dag van vandaag nog de banken te zien van de toenmalige adel. Er was een bank voor de adel van Schonauwen, Oud-Wulven en Wulven. Tijdens de renovatie van 1992 is een aantal banken verwijderd, waaronder die waarschijnlijk van Heemstede. In de kerk is ook een grafmonument van de heer van Heemstede, Diederik van Veldhuijzen.
In de kerk is een middeleeuwse doopvont aanwezig. Deze heeft lange tijd als plantenbak gestaan in de tuin van de pastorie aan de Herenweg. De sokkel van de doopvont is nieuw, omdat de oude sokkel is hergebruikt voor de preekstoel.
In 1798 worden alle kerktorens in Nederland eigendom van de burgerlijke gemeenten. Op dat moment zouden volgens de wet de katholieken uit Houten aanspraak op de kerk kunnen maken, omdat zij in de meerderheid waren. Maar de predikant was dermate standvastig, dat de katholieken van hun recht afzagen. Die trokken vervolgens in een nieuwe kerk aan de Loerikseweg, hetgeen in die jaren een omgebouwde boerderij was.

In de jaren 1811 tot en met 1813 staat er een Chappe telegraaf op de kerktoren van het plein. De lantaarnspits uit 1750 is daarvoor aangepast. In 1865 wordt de spits veranderd van een lantaarnspits in een stompspits. De gemeente Houten is eigenaar en heeft daarvoor sloophout opgekocht. De bevolking van Houten vindt het maar niets en burgemeester Waller regelt, dat er in 1893 alsnog een nieuwe spits komt. De architect van deze spits was ooit assistent van architect Albert Tepe, die de kerk aan de Loerikseweg ontwierp. Houten krijgt daarmee twee kerktorens met dezelfde spits.

Rond 1992 wordt de kerk gerestaureerd. Tijdens Open Monumentendag is de toren te beklimmen.