Het begon allemaal met Walfridus en zijn zoon Radfridus. Beiden hadden een voorbeeldige christelijke levenswijze en waren pioniers van het jonge christendom. Walfridus bracht de woeste gronden ten noorden van Groningen in cultuur. Ze leefden rond het jaar 1000 en werden als martelaren door de Noormannen gedood, net op het moment dat Walfridus aan het bidden was. Op hun beide graven werden twee houten kerkjes gebouwd. De Radfriduskapel stond tot ongeveer de 17^e eeuw in de huidige Kapelstraat te Bedum en de Walfriduskapel op de huidige locatie van de hervormde kerk. Er kwamen veel pelgrims van heinde en ver op de beide graven af om de beide martelaren te vereren en om van hun ziekten te genezen. Bedum werd zo een bedevaartsoord.

De houten Walfriduskapel kon het grote aantal bezoekers niet bergen. In de 11^e eeuw is daarom het eerste (tuf)stenen kerkgebouw neergezet. Door de bisschop van Münster werd de kerk ingewijd en werd Walfridus heilig verklaard. Zijn gebeente werd in een reliekengraf binnen de kerk herbegraven. In de eeuwen hierna werd het gebouw nog enkele malen vergroot, maar vanaf 1594 verloor de kerk als gevolg van de hervorming zijn functie als pelgrimskerk. Heiligenverering en pelgrimage werden beschouwd als ‘paapse superstitiën’ (bijgeloof). Daardoor raakte ook het gebouw in verval.

Het had niet veel gescheeld of de kerk was daarna afgebroken geweest. In 1860 werd na instorting van een gewelf de gehele overdekking afgebroken, inclusief bogen. Rond 1880 besloot het kerkbestuur tot sloop van de kerk, maar volgde alsnog een provisorische restauratie. Daarbij verdween het complete interieur en werd het schip van de kerk bijna onherstelbaar verminkt.

In 1995-1997 werd de kerk volledig gerestaureerd naar de huidige vorm. Tijdens deze restauratie werd ook archeologisch onderzoek verricht, door de vakgroepen archeologie en geschiedenis van de Rijksuniversiteit Groningen. Hieruit is veel duidelijk geworden. Zo kon er een schematische plattegrond gemaakt worden waarop de ontwikkeling van de kerk te zien is. Deze plattegrond is ook in en bij de kerk te bekijken. Ten oosten van de kerk is in het plantsoen met stenen aangegeven waar en hoe het vroegere hoogkoor heeft gestaan. Ook is een onderzoek gedaan naar de grafzerken welke in de kerk en ook daarbuiten zijn aangetroffen.