De Witte Kerk is waarschijnlijk al voor 1300 gebouwd. Het formaat van de bakstenen in de onderste delen van de schipmuren en de toren wijzen op deze ouderdom. Vanaf 1300 zijn ook de namen  van de pastoors bekend. De Witte Kerk was toen een katholieke kerk.

In 1508  onderging de kerk een grondige verandering. De Kerk werd uitgebreid met een Gotisch koor en de toren werd met een verdieping verhoogd.

In 1573 werd de kerk door brand  verwoest tijdens plunderingen door Spaanse troepen van de hertog van Alva. Het koor bleef nog lang als ruïne staan.

In februari 1573 was het gereformeerde geloof door de Staten van Holland tot Staatsgodsdienst uitgeroepen. Dit betekende echter niet dat de bewoners van Noordwijkerhout massaal overgingen tot het protestantisme, de meerderheid hield vast aan de katholieke religie. De Witte Kerk waren zij echter kwijt, die was overgegaan naar de protestanten.

De toren is van de gemeente Noordwijkerhout. Onder in de toren bevond zich vroeger de gevangenis. Rond de kerk ligt een kerkhof dat volgens historische bronnen meermalen werd geruimd. In 2005 is een proefsleuf in de tuin gegraven waarbij door archeologen minimaal 393 graven werden gedocumenteerd. Onlangs is op de plek van het omheinende muurtje wederom een sleuf gegraven waarbij archeologen ook weer een onbekend aantal graven in kaart hebben gebracht. Waarschijnlijk is de begraafplaats ruimer van opzet geweest dan de huidige grens, en de begravingen zullen zich waarschijnlijk ook onder de huidige Dorpsringweg en de Havenstraat bevinden.