De eerste rooms-katholieke kerk in de Cocksdorp werd in 1842 gevestigd in een voormalige smederij aan de Kikkertstraat. Door toename van het inwonertal in polder Eijerland ontstond behoefte aan een grotere kerk.  De Amsterdamse architect IJ. Bijvoets maakte het ontwerp, aannemer Leendert van der Ploeg uit Zierikzee bouwde de kerk voor f 20.980. Tijdens de bouw ging hij failliet. De kerk werd in 1877 ingewijd. De motor achter de inpoldering van Eijerland was N.J. de Cock. Hij droeg ook financieel bij aan de bouw van deze kerk. Zijn echtgenote heette Francisca. Dat speelde een rol bij de keuze voor de toewijding aan de H. Francisca Romana.

De kerk is ontworpen als een neoromaans zaalkerkje met half ingebouwde toren.
Tijdens de Georgische opstand werd op 8 april 1945 de kerk door Duitse granaten zwaar beschadigd.

In de communiebank zijn de volgende voorstellingen verwerkt: links de ‘Tafel der Paaschbroden’, rechts de ‘Arke des Verbonds’ en in het midden de ‘Kelk met de hostie tussen de hoornen van overvloed’, versierd met lofwerk en omgeven door lambrequinmotieven. De herkomst van de communiebank is onbekend. Hij werd rond 1700 vervaaardigd, ergens in de Nederlanden. De preekstoel is Vlaams werk van omstreeks 1750. Op het linker paneel God de Vader met wereldbol in de hand, in medaillon, omlijst door een slang. Het rechter paneel stelt Margaretha met draak voor. Waarschijnlijk bemiddelde de uit Vlaanderen afkomstige De Cock bij de aanschaf van beide.

Het orgel is in 1761 door Pieter van Assendelft en zijn zoon Johannes gebouwd voor de r.-k. kerk nabij Obdam. In 1893 verplaatste Lodewijk Ypma het orgel naar de kerk van De Cocksdorp. De oorlogsschade werd in augustus 1949 hersteld door Vermeulen orgelbouw in Alkmaar.
J.C. van Rossum, clavecimbel- en orgelbouwer te Wijk en Aalburg restaureerde het orgel in 2013. Toen kreeg het weer zijn oorspronkelijke imitatie mahonie kleur.
Het orgel, de communiebank en de preekstoel zijn rijksmonument.