Vanaf 5 augustus 1796 keert de vrijheid van godsdienst terug in Nederland. De katholieken kunnen daardoor openlijk hun geloof belijden. De wet stelt dat de gemeenschap met de meeste leden, aanspraak maakt op het bestaande kerkgebouw. Dit veroorzaakt veel onrust in Houten, omdat de katholieken, die in de meerderheid zijn de kerk aan de Brink opeisen. Na veel geruzie besluiten de katholieken uiteindelijk om een eigen kerk stichten. De kerk wordt gemaakt in de stal van een boerderij langs de Loerikseweg, die eerder werd gepacht door Barend Scholtus. Deze staat op de plek tussen de huidige Kerksteeg en het huidige kerkgebouw in. Het voorhuis van de boerderij wordt de pastorie. Deze schuurkerk wordt op 1 november 1798 in gebruik genomen. Houten heeft een eigen statie. De kerkdienst bijwonen in Jutphaas, Schalkwijk of Bunnik is voor 200 katholieken niet langer meer nodig.
In 1821 is het aantal kerkleden gegroeid tot 650 personen. De kerk wordt gerepareerd en krijgt de hulp van het gerecht ’t Goy en Houten. Na 1825 stijgt de welvaart en nemen de inkomsten voor de kerk toe. In 1829 krijgt de schuurkerk een toren met klok. In 1829 wordt gestart met de aanleg van een begraafplaats in een boomgaard naast de schuurkerk. Dit kerkhof is nog altijd in gebruik.

In 1882 wordt een ontwerp gemaakt voor een nieuwe kerk met pastorie. Het is de bedoeling om een vrijstaande kerktoren te bouwen, die de concurrentie zou kunnen aangaan met de kerktoren aan de Lobbendijk. Vanwege de financiën wordt hier vanaf gezien. Daarop wordt de kerktoren geplaatst op het kerkgebouw. In 1886 wordt de oude schuurkerk en pastorie afgebroken. Naast de kerk komt een nieuwe pastorie en diverse ruimtes. Rond 1915 floreert het katholieke geloof en geestelijken hebben veel aanzien. De pastoor en kapelaans van Houten willen dit ook laten zien en laten hun gezicht aanbrengen in de gebrandschilderde ramen aan de zuidzijde van de kerk. Ze staan daardoor nog steeds afgebeeld tussen de heiligen.

In 2017 is de kerktoren gerestaureerd.