De werf is opgericht met een sleehelling bij een pakhuis door Pieter Boers uit Sliedrecht in 1763. In 1786 kocht Jacob Meerman de werf met loods en toebehoren. De werf bleef meer dan tweehonderd jaar in het bezit van de familie Meerman. In de twee eeuwen werden vele vissersschepen, waaronder een groot aantal hoogaarzen, daar gebouwd. In 1986 werd de scheepswerf gesloten. De gemeente Middelburg kocht het terrein in 2003 voor het symbolische bedrag van één euro. Voorwaarde hierbij was de werf te restaureren en weer in gebruik te stellen. In 2006 is de gemeente Middelburg met de ingrijpende restauratie gestart. De restauratie werd in 2007 voltooid. Uniek is dat de werf nog beschikt over alle oude gereedschappen en werktuigen. De stichting Historische Scheepswerf C.A. Meerman beheert de werf als werkende museumwerf. Het is ook de thuishaven van de Stichting Behoud Hoogaars, waar de vier eigen schepen (drie hoogaarzen en een hengst) onderhouden en gerestaureerd worden.